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作为内阁首辅，高拱负责的是吏治改革方面。吏治是国家政治制度的基本制度，吏治败坏是政治败坏的产物，而它的败坏，又反过来催化了政治的败坏。不仅会招致吏治腐败、官场黑暗，而且使大明朝陷入了边事废弛，财政困难，民众困穷，社会动乱的窘境。
对于大明吏治的根本问题，高拱在《除八弊疏》中，已经有了深刻的阐述，然而要进行改革，还必须将其具体化，然后对症下药，高拱在一系列奏疏中，便一一列出：
其弊一，选官不问其才，升官只论资格。这是用人制度上最大的弊端。原先太祖时期，选官唯用其贤，毋问其资格。然而宣德后，渐渐以资格为论。高拱的《议处科目人才以兴治道疏》中，说州县正官以上的官员，进士具其七，‘其系进士出身者，则众尚之，甚至以罪为功。其系举人者，则众薄之，甚至以功为罪。’事实上，科甲官普遍存在着眼高手低，不通政事的毛病，只会虚文应上，急政沽名而已，而真正能行实政、及于民者，却寥寥无几。反而那些举人出身的科贡官，因为长期从事事务性工作，对民生政务要更加熟悉，也更适合担负牧民之责。
然而，本朝对于进士官和科贡官，存在着严重的区别对待。举荐、升迁这些优待，全都是进士官的专利；而吃苦受累背黑锅，则是科贡官的待遇，且毫无前途可言。这样非但压抑了大量人才，不利于激励各级官吏勤于政事，为国效力，也助长了科甲出身的官吏的胡作非为。
其弊二，考核失实，赏罚混乱。本朝原有十分完善严格的考核、赏罚制度。然而自成化以来，出现了严重的问题。一是把这考核纠劾作为结党营私、排斥异己的工具。二是毁誉失实，赏罚无章。高拱不仅在奏疏中，揭露了各省抚按官有法不依，任意轻重的状况，还指出官官相护，‘对大奸大恶者不敢问而佯作不知，甚至称其高品，纵豺狼以当道，觅狐鼠以塞责。’三是惩汰官吏不从实际出发，循以定额，‘数十年来，考察惩汰之数竟有定额，以是袭为故常。其数既足，虽有不肖，姑置不论；其数不足，虽无其人，强索以充。’
其弊三，鄙薄边官及盐、马之官。高拱指出，派往蓟、辽、山、陕等边方的官员，‘非杂流则迁谪，非迁谪则才力不堪之人，盖以劣处之也。’对盐马官基本情况，他也作了分析，说‘近年以来，实之甚轻，就算是卿使正官，也皆以考不称职，有物议者充之。’
其弊四，以权谋私，不择手段。高拱在奏疏中，述及现今的官场状况说：‘今人做官，只于猎取高官肥缺，一片软然成风，低头闭目，奔趋巧媚，以为善官。’为了以权谋私，相互倾轧，至于官吏贪污，更是比比皆是，习以成风。
其弊五，玩忽职守，有令不行。由于吏治腐败，用人无道，赏罚无章，居官者多不专心职守，致仕法度废弛，政令不行。朝廷诏旨，抄到各部，视为故纸，禁之不止，令之不从。各部间文移往来，历时数月着屡见不鲜。
凡此等等，可见嘉隆年间吏治腐败之梗概。
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对于此，高拱制定了一整套的改革措施。
针对其弊一‘选官不问其才，升官只论资格’，对策是‘选贤用能，不论出身’。他责成吏部，对于进士官、举人官、和监生官要三途并举，只在授官时论其出身资格，步入仕途后，则一切凭政绩说话，不问其出身。并请皇帝下旨都察院并各抚按官，务必摒弃旧有思想，但系贤能、一体保荐，亦不得复有低昂。他声称，如果按此执行，则进士不得独骄，举人皆以自效，而善政必多。就算不能人人皆然，而十乡之中，少可亦有六七，则亦过半矣。善政多则民安，民安则国克富。
然后，在‘不论出身’的原则基础上广求贤能。他在署吏部事后，便责令所属司官廉访贤才，并将孰贤孰能登记造册以备用；又授策天下有司曰，还要求地方各州府大力发现人才，但系贤才，则出身皆不必论，必与推荐，不得故意遗漏。
接着，对初选出来的人才加以培养。高拱说：‘朝廷用人，必先养人，若无养之于先，则用之亦充数而已。仆诚欲养于未用之先，以辨其才；乃用于既养之后，以充其任。’他的主张是，将前一步初选出来的人才，先放到各衙门或地方任属官，使其积累经验，朝廷也好辨其贤否，根据特点，委以重任。
还要对培养好的人才，因人授职、人尽其用。高拱说，不同的人才品德、能力各不相同。就像人的五指，大小长短截然不同，却都有用处，关键是将这些人，安排到合适的职位上去……他把人才分为三档，德才兼备者为上，有德微才着为中，有才微德者为下，但都可称为人才，具有所用。他认为各部门在使用人才时，关键是要‘量才使用，扬长避短，用其长则可尽其才，而事可成。若违其长而用其短，则鲜有不败者’。他还提出，以才气胜者，用以处理繁杂的事务，以道德胜者，用以担任科道风宪；而正印宰治之人，则非德才兼备者莫属。
而且，在对官员的处罚上，要区别大节与细微，不因有细微之过，一时一事之时失弃之不用。这也是高拱反复强调的用人政策。在他看来，人皆有过，无过之人是不存在的。那些所谓无过之人，不过是没有具体做事罢了。一旦具体做事，其过必出。
所以高拱要求对‘细微之过’持宽容态度，要看其大节，对其过失做具体分析，要求‘纠劾官员，务要详审较量，除官守大坏者照例纠处外。对于才能胜任但举措失当者，当略其微；对于德行稍瑕，但已经改正者，不问其旧过，俱要曲加保全，以图共济。至于昏庸靡弱无一可表见者，虽然操行履历没有过错，也要核实照‘罢软’事例议黜，以免妨碍贤者上升之路。’
并且指出，因为德才兼备者毕竟是少数。如果一味的求全责备、既往必咎，使幡然悔改者无路可投，只能徒让庸儒自保者充任，朝廷又靠什么人去建立事功呢？
同时，着重选配好要害部门的正官，以及地方守令。所谓要害部门的正官，包括首相，吏部尚书，左都御史。高拱说‘要得治天下，只在用人。用人只在三个人，一个首相，一个冢宰，一个台长。首相得人，则能平章天下事务，件件停当。冢宰得人，则能进贤退不肖，百官莫不称职。台长得人，则能振扬风纪，有不法者，率众台纠治之，而政体自清……然这三个人中，尤以首相为要。’又说‘守令之贤否，关系到生民休戚。使天下守令得人，天下太平矣。
他还对上述官员所必须具备的条件作了论述。如宰相，其人‘必得心术正、德行纯、见识高、力量大、学问充、经练熟者，方可为之。若不试以事，徒取文艺，不拣其才，徒俟资历，则岂能遂为百官之师，平章军国重事而无舛乎？’又如州县的长官，他要求不但要有较高的文化水平，从进士、举人中挑选，还要有年龄限制，‘须有精力者乃可为之，五十以上，不得为州县之长’。还要求具有一定的治理社会的实际经验，他说‘州县正官若以初任者为之，彼其民事既非素谙，而守身之节、爱民之仁、处事之略，漫无考证。乃即授以民社，待其败事，然后去之，而民亦受其毒矣。’要求不对初次任官者，授以州县正官之职，以免其误民贻害。