话说爱伦·蕾普利自从逃出诺史莫号后，在太空中休眠五十七年才抵达地球。首先被地球附近的太空站内恢复清醒，一位韦兰-尤坦尼集团代表卡特·伯克告知她在太空漂流的周期，以及她的女儿亚曼达于十年前就以66岁的高龄去世的消息。之后，蕾普利将诺史莫号上的灾难过程汇报给公司高层时，在座的高层却不采信她的故事，更撤销她的太空飞行执照。
当初爆发异形的lv-426号行星，如今被韦兰集团实行过地球化工程而变成一个太空殖民家园“希望之地”。有一家人于星球上拾荒过程中无意间进入之前发现异形蛋体的外星船，其中一人因此同样受到感染，导致殖民地于几小时后和地球失联。
伯克与一名陆战队中尉戈曼希望蕾普利能一同前去殖民地调查，蕾普利因为近期挥之不去的噩梦，使她决定再次面对恐惧来解脱。蕾普利与伯克和戈曼登上战舰苏拉克号，见到由士官长艾朋率领的精英陆战队。但队伍中包括一位机器人主教，蕾普利因为之前的经历而对机器人有敌意，因此对主教感到厌恶。
众人抵达后用一架登陆船到星球表面，发现殖民地内部一片狼藉、空无一人。在医疗实验室中保留六只放进隔离水仓中的抱脸体，众人靠生物探测器找到唯一幸存的小女孩纽特，蕾普利安慰并照料受惊吓的纽特后，得知她的父母和弟弟都已丧生。
队伍透过主控中心电脑得知大量居民聚集在地下三层的核聚变发电厂中，仅除蕾普利、纽特、伯克和戈曼留在装甲战车中以外，其他人则下去调查。
队伍发现地下已经变成一个充满乳白色溶液的恐怖异形巢穴，大量居民尸体上都有从内到外爆开过的洞，一位还活着的女居民体内爆出一只异形幼体后，众人用喷火器放火将其烧死，而数十只异形转眼间跳出来袭击他们。
由于发电机冷却设备受损而将会有核爆危险，队伍无法在里面随意开枪，大部分队员集体被杀，艾朋和医护兵狄崔克被抓去作寄生体。
毫无经验的戈曼被眼前状况吓到不知所措，蕾普利则开战车冲进发电厂，接回仅幸存的三位陆战队员希克斯、哈德森和瓦丝奎兹撤退。
所有人认为该地已经回天乏术，同意蕾普利提议的用苏拉克号上的核弹摧毁整座殖民地后，希克斯联络登陆船前来接他们，但船上两名留守的队员却双双被一只登船的异形杀死，导致登陆船坠毁在太空站中。
蕾普利便带领所有人回到主控中心封死所有出入口和窗户，用所有剩余的武器坚守阵地等救援来。主教透过分析实验室里的抱脸体标本后，发现所有抱脸体都是从蛋体中孵化出，便推论异形群体中有一只类似蜂后的“母后”来产下这些蛋体。
蕾普利从主教口中得知伯克其实故意诱使居民去调查异形，他希望将异形样本带回公司实验室来制造生化武器以获利。当蕾普利威胁她会揭发他的行为时，登陆船重创发电厂内部而造成整个区域即将发生核爆炸。
主教自告奋勇透过地下管道爬到外面，透过远程操控苏拉克号登陆地面来接回众人。等待途中，蕾普利陪伴纽特睡在实验室里，但当蕾普利醒后却发现两只活着的抱脸体逃出水仓并开始袭击她们俩。
由于实验室门被反锁，蕾普利靠火灾警报器警醒希克斯等人，其他人靠打破玻璃才救出她们。蕾普利指控是伯克放出抱脸体，打算将她和纽特体内植入异形卵后偷偷运回地球，甚至计划回程时杀死其他队员以实施灭口。
伯克仍然死不认罪，就在众人一致决定对伯克实施处决时，主控中心突然断电，而外围的警戒机枪也耗尽子弹。
不久，一大群异形从天花板中闯进主控室，众人在殊死抵抗的过程中，哈德森、瓦丝奎兹和戈曼都相继牺牲；试图丢下众人自行逃跑的伯克，开门出去时被门后的异形杀死。
蕾普利和希克斯跟着纽特于她之前藏身的管道里逃生，但纽特不慎掉进底层后被一只异形抓走。主教成功调来第二架登陆船，蕾普利将希克斯送上船后，因为不想丢下纽特而跑回巢穴里救她。
蕾普利成功找到还未寄生的纽特，但抱着她出去时却刚好遇上正在下蛋的“异形皇后”。母后感觉到蕾普利的武器会摧毁它的蛋体便任由她离开，但蕾普利还是摧毁所有蛋体和母后的产卵管，导致皇后被激怒开始追赶她们。
随着发电厂即将熔毁爆炸，蕾普利和纽特回到地面被主教接走，而整座殖民地受核爆炸毁于一旦。众人回到苏拉克号上不久，躲在登陆船起落架上的母后将主教撕成两半后开始追击纽特。
但蕾普利操控著运货用的动力服将母后钳住，透过地下舱门直接将母后抛进太空彻底消灭。蕾普利将主教的破损身体拼回一起后，和纽特与希克斯一起进入休眠而返程地球。
这就是恐怖片《异形2》所发生的故事，虽然说起来很容易，但是实际操作起来却很难。因为你不仅需要一个良好的体魄、极快的反应速度、一个配合默契的团队，还需要足够的情报、精良的装备、充足的弹药和燃油，还需要对整座星球上的建筑环境非常熟悉才行。
不然就算给你一个师的兵力，跑过去也是给异形皇后送人头罢了。而且还是那种给自己团队减员，给对方团队增加人数的超级大坑比。
估计这种人就算兑换了重生十字架复活，以后也不会有哪个团队敢要他了，毕竟谁都不喜欢有个吃里扒外的大坑比啊。
虽然中洲队之前已经经历过《异形1》这部恐怖片了，但实际上对异形世界的影响微乎其微。其原因还是主神虽然改变了难度，但是作为《异形》系列的绝对主角蕾普利却被陈毅华成功救下，所以世界线被拉了回来按照原先的设定缓缓向前推进。
地点：战舰苏拉克号
人物：蕾普利、中洲队、14名陆战队员
目的地：lv-426号行星
“任务1:异形幼虫5点个
任务2:成熟异形10点个
任务3:变异异形100点个
任务4:超级异形禁卫d1、500点个
任务5:击杀异形皇后者将获得c1、2500奖励点”