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为了赶在来年四月前通航，红水河全线二十几处工地，几乎同时动工。这背后需要多强的组织能力可想而知，若非宋朝文官的政务能力强大，陈恪和沈括的计划就算再周密，也不敢把摊子铺这么大。
其上游工程，又叫南盘江工程，主要是在从东川到三江口这段距离上，修建陡门四十七座，有沈括详细绘制的图纸，又有新发明的水泥混凝土，工程难度可比秦朝工匠们修灵渠时小不少。
他们先在上游筑坝拦水，使江底裸露出来，然后将数百根水泥柱子，纵横交错排叉式的夯实，插放在坝底，再用混凝土浇筑成整体，这是修海堤的工程方法，使在这里颇有杀鸡用牛刀之嫌，但比传统的立木法要坚固百倍，且不怕被人破坏，所以陈恪还是冒着被工匠们学去的危险，采用了新技术。
当然，也很可能他存心就想让他们学去。
中下游的红水河工程，就没有这样简单了。红水河流域，正是云贵高原到广西平原的过渡段，水面落差大、险滩密布，或巨石亘于水中，或石壁横挡水势，百折千转……船在河心，前后不能直望三里，兼有跌水、喷旋、倒卷等情形，其施工难度非内地河工可比。
其中最险的八滩或是巨石嵯峨，亘连两岸，或乱石丛叠，梗塞江心，大多数滩身浪长数里，落差势高及丈、过去船过这些滩时，或用旱箱，或架台杆，更多的是用竹藤将船捆住拉过去，总之无法单独行过。
在红水河边，原先就有专门以拉纤为生的部族，当然免不了漫天要价，但仍时有磕损，且稍大一些的船，就无法通过了。
尽管丝毫不怀疑沈括和苏颂的能力，但陈恪还是命令承修人员‘不得一味照搬，而要根据实际困难，日夕讲求，悉心筹划，或采用成法，或博询众论，功因时制宜！’要求他们对不同情况采取不同措施，比如凡是最险之滩，中心处洪涛汹涌不能行船的，便在历来架箱拉杆之处，筑坝逼水，将峭壁烧煅椎凿，开出新的船路，以避中流之险。
至于次险各滩，亦需要先筑坝逼水，将水面、水底碍船的巨石凿去，使行船不至于触礁；同时还在两岸绝崖之上搭立脚手架，凿出高低牵路，使舟楫上下可以有纤夫牵挽……所谓牵路，就是纤夫们拉纤时所走的小路。遇到两岸都是峭壁，又必须拉纤的情形时，只能在石壁上凿出牵路来。
仅仅是描述一番，就让人满头是汗，亲自去开凿的工匠们，直接就是望而兴叹……若非发现河床和两岸的山石都是硬度不大的石灰岩，陈恪给多少钱，他们也不干。
好在无论如何，工程是热火朝天的展开了，甭管事先准备的多周密，问题还是接踵而来。作为总指挥的陈恪和沈括，不是在河工工地上，就是在赶往工地的路上，解决各种技术问题，协调各种复杂的关系。
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好在老天保佑，许是去岁下雨太多，今年大旱、江水极涸，水位较往年低五六丈。在一道道陡门的作用下，初春时中下游得以基本干涸，所有险滩水上水下滩石俱露，十分有利施工。
工地上，承修官员先令夫匠伐薪运煤、用火攻烧那些巨大的滩石，因为石灰岩遇到高温，会分解转化为生石灰，变得松散酥脆。待火一灭，马上锤凿劈打，便纷纷瓦解。而且生石灰还是消耗量很大的材料，可谓一举两得了。
也有不用火攻的，工匠们用铁钎将巨石凿开小孔，打入木楔，并在上面浇水，木楔浸水膨胀的力量就可以将石块胀裂。这样得到的大块石灰石，都直接送去和粘土一起煅烧，现场制备水泥。
他们所开的船路，皆从滩身近水处层层疏宽凿深，不留槽形，使上下船支沿边行走，以避江心洪涛之险。同时，还在夹岸峭壁上凿出牵路两万多丈。其陡险之处，皆由工匠用麻绳缠腰，悬空铲凿，一锤锤，一寸寸凿出石缝，然后插入铁钎搭架，以水泥浇筑，凭空造出牵路来……
还有更困难的状况，其中治理双岩滩和恶滩最具有代表性。
双岩滩人称红水之锁钥，江中突出两山，俨然双门，水从中泻，跌落数丈，浪扫北岸，鼓喷高有丈余，迥流卷旋，险相丛生！起先是计划在北岸开石槽、拉船上行，但实际操作才发现，槽身为跌浪所扫，崖石突出，下水断不能行。
不得已，又重新讨论设计，计划在南岸凿开一长五十三丈，深两丈，宽四到五丈不等的水道，舟楫可从此并行上下通行。但这样一来，就算石灰岩比较好凿，工程量也太大了，自然有许多人反对。
最后是陈恪力排众议，命人在地下一丈处，并排凿通两条长达五十丈的地道。然后分别填满炸药，用混凝土封口后引爆。
震天撼地的隆隆巨响后，那是真正的地动山摇！无数的石块、砂土、树枝被喷到天上去，竟然让天都变了颜色，继而下起了土石雨。
尽管所有人都退到一里以外，但还是被掀翻了大片，等他们定下神来回去查看时，发现那里已经被炸出了一条宽达数丈、长达四五十丈的坑道……