1645年的前几个月对刚刚入关才一年的满清是喜忧参半的。
在西北战场，清军在红衣大炮的帮助下攻克潼关，多铎下令尽屠投降的顺军马世耀部七千人，并派兵往西安进发。与此同时，北路的阿济格虽然屡次击败李过、高一功等人的陕北军团，但前进脚步被严重阻滞。只是在高、李二人率军退往宁夏后，阿济格的十余万大军才得以顺利南下。而此时，李自成已经准备撤退了。
陕西（包括甘肃宁夏）这个死地如今对李自成来说更像是一个囚笼，无论是西面、北面还是东面，形势都很不乐观。因此，虽然贺珍在汉中三次击败李定国，稳住了南面的局势，但李自成还是决意撤退。至于撤退的目的地，李自成原本定的是汝南，但被顾君恩劝阻后遂定于襄阳。
二月中，李自成率十三万主力军并数量更多的妇孺老弱经商州入邓州。史载其“精壮驱而南下，留三千兵守城，塞井灶”，已经先期前往襄阳的牛金星等人率兵接应，李自成主力遂进入湖北。至此，他从陕甘带来的十三万精兵加上襄阳左近留守的原陕西、河南老兵七万余人，其手头的总兵力仍然超过了二十万。再加上其撤退途中分别于陈州、邓州两次击败清军的超出明军的优异表现，李自成依旧是清军的头号大敌。
李自成主力撤出陕甘后，多铎、阿济格在西安会师，然后开始大肆招降附近留守的顺军杂牌武装、二三线部队。事情进行得还比较顺利，多铎上奏：“秦地攻克四城，收降三十八州县”。而河南原本攻打顺军很起劲的总兵许定国等部南明军队，此时已经不鸟史可法的命令，转而投降了清军。南明委任的河南总督张缙彦上奏朝廷后，南明君臣依然不为所动，极力督促湖广一带的明军倾力进攻顺军控制下的荆州。几乎让人为之气结。李自成闻讯后，亲率主力前往荆州，荆州围解。
西北的战局进行得很顺利，多铎与阿济格两路大军虽然费了一番力气。但终究扫平了秦地，收降李自成部的二三线武装近十万人，战果甚至可以说辉煌。不过相比较而言，山东如今的局面简直就是一坨屎。北京上下的八旗贵人们怎么也想不通，一个小小的只有一万人驻守（满清夸大事实）的烟台堡在五万多大军的围攻下为何仍旧岿然不动，甚至他们还有余力四处出击，极大动摇了“我大清”在北方的威信。
最近一个多月山东济南府失陷武定州等五州县、北直隶永平府失陷乐亭县、天津卫大沽口遭炮轰；辽东更是夸张，金州、旅顺口、皮岛、镇江等地次第失陷，金州城外留守的八旗马队更是遭到败绩，死伤百余人。最后还目送黄衣贼军浮海而去。毫无办法，活脱脱当年几十万明军“欢送”几千饱掠而回的清军的德行。
面对辽海千里处处烽火的窘境，清军不得不调整作战重心。远在北京的摄政王多尔衮下令，从阿济格与多铎两部清军中各抽调两万人，再辅以新近收编的陕西顺降军、河南明降军三万多人。合兵七万，东调山东、北直隶一线。同时，多尔衮还准备从北京、锦州以及天津驻防满蒙八旗中抽调出数千精锐马队，择一宿将统领南下，统一指挥这总计将近八万名清军，以稳固岌岌可危的北直隶、山东形势，并趁机窥伺江淮一线。
至于辽东。清军则没有好的办法了。年纪十四岁以上、六十岁以下的精壮男子大部分都去了关内或辽西，关外只有一些老幼妇孺，青壮丁口不多，整个辽东加起来也就几千马队、不到一万步卒罢了。这么点兵力要防御这么大的面积，真可谓是力不从心。没办法之下，清廷只能下令沿海的那些实力薄弱的村堡往内陆地区迁移。同时实行“集村并屯”政策，即将这些迁往内陆的村堡居民都集中到一些便于防御的要点内。同时在各要点屯驻机动兵力，一处有事，立刻集结起大股马队前往救援，希望以此能够遏制黄衣贼在沿海地区无休止的骚扰。
清军在调动兵力、调整部署。而东岸人则处在一个难得的休战间歇期内。5月25日，东岸船队尽数集结在利尻岛鸳泊港过冬季地内，计有炮舰2艘、武装运输舰2艘、运输船2艘、蒸汽机帆船6艘（“破浪”号明轮船已调往澳洲）、中型渔船4艘，总吨位超过一万吨，可谓规模庞大。
连续作战一个半月，东岸军队战斗减员不过寥寥八十余人（主要是挺身队和军夫队），非战斗减员也不过才三四十人，却取得了毙伤俘清军一千五百多人的优异战绩。此外，还攻破了关内六州县、辽东金州等四处要地、朝鲜铁山郡等地，缴获粮豆七千多石、牲畜四百余头（只）、战马七十余匹。不光如此，他们在大沽口、皮岛、镇江三地还击沉了清水师五十余艘小船，几乎将其残存的不多水上力量（孔、尚等人已正式转为陆军）全部剿灭。