义军将士用长枪乱刺，却依然刺不进去。
关键时刻，有人大叫：打他的脖子！这是他唯一没有防护到的地方！有个汤姓童子手快，一下子就用钩镰枪钩中了这名清军都督的颈脖。清军都督连一声都没来得及吭，就立马毙命。
竹匠姚迩割下其首级，将尸首扔到城下。清军齐来抢尸，城上趁机万箭齐发，又给敌大量杀伤，后来清军用牛皮帐挡住矢石，好不容易才把尸体拖了回去。
刘良佐见上面没有脑袋，又派人到城下来喊话：还我都督的头！
很快，一个蒲草包从城头应声而落。
打开一看，是个狗头！
刘良佐肺都气炸了。他决定亲自在城下督战。
看到城中不断从高处投下的矢石对清军造成了大量杀伤，刘良佐搜尽枯肠，终于想出了一个妙策。他命人在城下用三层牛皮搭建了一个大帐，无论是箭矢还是石头都无法穿透帐子的顶部。
头顶上套上了这么一个安全套，清军攻城的时候就安全多了。
阎应元让人把混合了人粪的桐油烧到滚开后往牛皮帐上泼，很快牛皮就被烧穿了，帐下的清军将士被烫得皮焦肉烂，伤亡惨重。
在力保城池不失的同时，阎应元还主动出击，一日深夜，他悄悄打开城门，派千余名敢死队潜入敌营，一边四处纵火，一边到处乱砍。正在睡梦中的清军猝不及防，很快就被杀了千余人。等刘良佐缓过神来，派大军前来围剿的时候，义军敢死队已经神不知鬼不觉地回到了城内。
就这样，江阴士民同仇敌忾，击退了清军连续多日的猛攻。不过，阎应元也清醒地知道，现在清军对江阴城的攻击只不过相当于演出时的序幕，清军的攻势以后还会越来越强，江阴城面临的考验以后还会越来越大！
因此他一面指挥作战，一面又在战事的间隙抓紧部署各项战备，为以后更加激烈的战斗做准备。
果然如阎应元所料，江阴城面临的压力陡然增大了——满清贝勒博洛、尼堪、大将孔有德等人在平定江南各地后，率八旗兵主力来到了江阴城外！博洛和尼堪两人都是清朝宗室重臣，一个是饶余郡王阿巴泰（努尔哈赤第七子）之子，一个是广略贝勒褚英（努尔哈赤长子）之子，后来又分别被晋封为端重亲王和敬谨亲王，和努尔哈赤的另一个孙子满达海一起被并列为清初理政三王。
两人奉命与多铎一起南下，战功赫赫，是多铎的左膀右臂。
在博洛的大军到来之前，刘良佐又对阎应元进行了一次苦心孤诣的劝降：弘光帝已被俘送到了北京，江南都已被大清攻下了，你这样又是何苦呢？你若是肯归附投诚，凭你的才干，爵位肯定不会在我刘良佐之下！
阎应元怒斥道：将军你位列侯伯，手握重兵，进不能恢复中原，退不能保障江左，反而为敌前驱，有何面目来见我江阴忠义士民！
刘良佐面红耳赤，羞惭而退。
事实上，刘良佐遭到的羞辱还不止这些。博洛到江阴后，也对他大加斥责：你带了这么多军队，这么长时间，连一个小小的江阴都打不下来，真是个废物！之后，他又强迫刘良佐再次去招降。无奈，刘良佐只得硬着头皮又来到了江阴城下，向阎应元喊话。
这次他得到的回答只有掷地有声的八个字：有降将军，无降典史！随后城上乱箭齐发，刘良佐狼狈逃回。
博洛这才认识到，要想让阎应元停止抵抗，比让太阳停止升起还要不现实。他命孔有德等人在城外排开百余门红夷大炮，对城内不断实施炮击。
在这些火炮的轰击下，城墙多处崩裂。
阎应元命义军用铁链绑上铁皮覆面的门板，将其置于城墙外侧，以抵御敌军的炮火，同时又用装满泥土的棺材堵住了城墙的缺口。在激烈的炮击中，阎应元右臂受创，但顽强的他依然用左手执矛，坚持战斗在第一线。
他不仅性情坚毅，还爱兵如子。义军中只要有人负伤，他必亲**问并为其包扎；有人战死，他必亲自祭奠并为其入殓。
相比阎应元，陈明遇则性情更为宽厚，说话和风细雨，待人亲切无比，有时抚慰士卒到动情处，甚至忍不住泪流满面。因此，两人都极得人心，在如此艰难的形势下，城中依然众志成城，没人怀有二心。
时间一天天地过去，清军虽然耗费了无数弹药，却依然无所作为。
博洛只好另想办法，他先是命人在南门的十方庵用掳掠来的大量木箱垒成与城墙齐平的将台，接着又在亲兵二百余人的保护下登上将台，端坐其上，用令旗指挥麾下的数十门巨炮猛轰江阴城东南角，同时还不断施放狼烟喷雾，以遮蔽守城义军的视线。
守军被浓烈的烟雾熏得根本睁不开眼睛，几乎完全没有还手之力。
一时间，形势万分危急！
还是阎应元有办法。
他知道烟雾比空气轻，越往下越淡——看起来他不仅是个军事天才，还是个物理天才！他趴在城上匍匐前进，终于通过城墙的某个豁口看清了敌将所在的位置。随后他让城中著名的大力士汤三扛来一门大炮，他亲自瞄准点火。一声巨响过后，坐在点将台上的清将及其数百名亲兵全都灰飞烟灭，只有一顶黄色的伞盖被气流卷上了高空，在空中飞舞。就这样，面对数十万清军连续多日的围攻，小城江阴始终坚强屹立。
博洛穷尽了心绪，却依然毫无头绪；用尽了心思，却依然无计可施。
无奈，他只好再次派人招降。