一场乱战之后，三方面各有损失。
但是总体来说是继承了杨氏绝大部分利益的宋氏占据上风。
之后，安氏方面来人向秦军诬告宋氏有造反谋逆之心，秦军立刻『不分青红皂白』的出兵征讨宋氏。
驻守在当地的西南兵团一部进行了讨伐，宋氏慑于秦军威名畏首畏尾不敢接战，一触即溃，兵败如山倒，宋氏很快派人携带大量珍奇异宝向秦军主帅郑鹰求饶，郑鹰接受了宋氏的求饶，直接退兵。
宋氏恼恨于安氏的诬陷，立刻出兵大战安氏，双方血战连连分不出胜负，战局更加僵化，江西贵州包括四川一部各地都战火连连，这引起了萧如薰的『极大愤怒』，萧如薰立刻下令西南各省『平息此事』。
以此为契机，西南数省的动乱缓缓结束，而受到这场动乱的波及之后，土司们的力量受到了打击，损失惨重的有不少。
而就在事情快要平息下来的时候，安氏家主安疆臣遭到了刺杀，安氏失去家主，陷入一阵混乱之中，各大中小土司立刻群情激动，纷纷介入安氏内乱想要分得一杯羹，局势继续混乱了下去。
这场动乱一直持续到了隆武三年九月秋收之后萧如薰下达圣旨斥责了西南数省巡抚办事不力，又得知安疆臣死于刺杀，大为『震怒』，遂命令军队出动，强行平息这场动乱，有敢于反抗的，直接灭掉。
隆武三年十月中旬，动乱平息了，经此一次长达五个月的动乱之后，土司们的力量受到更为严重的冲击，连续两拨削弱之后，土改工作组立刻开始了行动，全面进入西南四省。
土改行动开始了，而受到打击的土司各部对各自地区的掌控力大大削弱，连反应都没有反应过来，就被掀翻了一大波。
这次土改行动蓄谋已久，从隆武三年十一月开始，一直持续到隆武四年五月份。
连着六个月的大规模高烈度土改，在整个西南一隅掀起了从古至今就未曾有过的改天换地般的全面动乱。
西南兵团和西南数省官府经受了十分严苛的考验，因为绝望之中的土司们的反击还是挺厉害的。
西南兵团为此折损了近一千名士兵，还有三名县令为此殉职，由此，萧如薰更加明目张胆地将此次行动定义为西南平叛之役，是开国以后的第四大征。
在这场土改行动期间，从隋唐时期一直延续到如今的土司制度被彻底终结。
萧如薰借由土司造反的理由宣布土司制度的终结，强行将皇权下乡的模式推广到了西南边陲之地，将边陲之地的土司力量一扫而空，彻底撕裂。
经过这场运动之后，萧秦政权彻底掌控了西南之地这一块被历代中央政府长期忽视的地区，设立州县乡进行直接统辖，大大解放了当地的生产力。
同时，借此良机，萧如薰开始推行移民政策，在北方地区招募愿意南下的汉民，用一亩地换两亩地的优惠政策号召汉民们南下进行西南的开拓。
在长达数十年的时间内，秦政府组织了三百多万人规模的的南下西南运动。
而在两广地区完全解放之后，又在两广地区充实了五十余万汉民，前前后后将江北的人口转移了四百余万到南方地区开拓西南和东南海岛，为今后数十年即将到来的最严酷的小冰河期做了充分的准备。
而这一举动也为萧如薰的北伐计划彻底扫除了后顾之忧，整个南方完全成为了大秦北伐的大后方基地。
包括南洋在内，也被萧如薰完全降服，扫除了地方土司和宗族势力之后，这些地区的农业发展和开拓进行的非常顺利。
而在此期间，大秦的蝗灾和血吸虫病得到了一定程度上的遏制，徐光启所推行的养鸭治蝗行动和方从哲主导的灭螺行动在一定程度上减轻了蝗灾和血吸虫病的威胁。
这两项大的威胁得到了控制，有了妥善的治理方略，也为萧如薰的北伐提供了稳定这一重大要求。