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随着古河公方公开向小笠原辉长投降，关东大震，一部分国人和豪族准备隔岸观火了。
位于常陆的佐竹家，上总的真里谷家（武田家）纷纷派出使者跟小笠原辉长联系，辉长直接就答应了。
当然，辉长知道这些国人靠不住，当然是要他们交出人质的，而且，最重要的是他得击败上杉辉虎的大军，才能让那些关东国人认可他。
可惜小笠原辉长没有把握在野战中击败上杉辉虎，哪怕是武田晴信，已经有天下人之资的织田信长在野战之中被上杉辉虎击败。
哪怕是相模之狮北条氏康也只能依托城池之利与上杉辉虎对抗。
而且按照现有的局势，小笠原辉长没必要急着去与上杉辉虎交战，他完全可以慢慢的调略武藏下野等地的国人。
上杉辉虎是一个点歪了属性点的主君，野战无敌的他，攻城几乎没赢过，内政勉勉强强，所以，时间拖下去对于小笠原辉长是很有利的事情。
到了七月，小笠原辉长下达了一个新的命令，那就是一国一城令。
这个指令一下达，新收复的远江、骏河、伊豆三国影响很大，相模的北条家、安房的里见家、常陆的佐竹家等大为震动。
损失最大的就是各地的国人和豪族，他们必须得住进守护的居城里，这样就减少了大量的割据势力，内部斗争都局限在了守护的居城里。
在一国（此处的“国”是指令制国，或大名的领国（之后的藩））中，由大名所居住作为政厅所在的城只能保留一个，其余的城必须全部废除，但需要注意的是被废弃的城池大多是鎌仓幕府时期修建的具有军事防御功能的山城。
各大名为了确立对家臣的支配管理，将家臣们自主修筑的城池废弃掉，让家臣们向大名自己修筑的城内集中。
到了此时，城池不再单单是一个军事据点，而是政治据点与大名权威、权力的象征。
于此同时，因为城池成为领国内的经济中心，所以商人和手工业者也纷纷向此聚集，这样便形成了城下町。
在一个令制国由复数的大名分割领有的情形下，各大名各有一城。
一个大名家领有复数的令制国时，领有的各令制国各有一城。
此一法制并非一刀切的实施，而是有弹性的运用。
比如井伊家对于小笠原辉长平定今川家有大功，所以决定留下他们家的居城。
按照一国一城令，令制国内有数个大名，则二十万石以上的才能建造居城，其余不足二十万石的大名都将居住于守护居城内。
按照小笠原辉长的规定，小笠原家内的家臣并没有哪一个是有二十万石的，基本都是万石左右。
所以按照一国一城令，他的家臣们都得居住于他规定的居城内。
如，美浓国内，家臣们都必须废掉居城，全部搬迁到稻叶山城居住，至于他们的领地内务都将交给家臣团处理。
家臣团在领地里不能修建城池，只能修建阵屋或是庄园，防御力并不高，但是可以防御山贼暴民等。
为了防止家臣起异心，小笠原辉长设立了三大佬九奉行共十二人的顶层家臣团。
三大佬为各个家臣家中的谱代重臣担任，每一位大佬可以管理三个奉行，商议事情由其十二人表决，不过三大佬的票数为九票，也就是一人三票。
这九位奉行因为事物分为外务奉行、内务奉行、武奉行、礼奉行、吏奉行、工奉行、商奉行、刑奉行、治安奉行。
外务奉行主管外交事宜，主要是与朝廷和幕府之间的联络，内务奉行就是指管理领国内部事务的，包括行政事务。
武奉行主管武士、足轻的安排等事情，同时还有考核武士武艺的职责，当幕府有战事征召时由武奉行与幕府对接。
礼奉行主管家内礼仪以及武士文化类考核。吏奉行安排家内武士在家中的任职，其余九位奉行里的官吏皆由吏奉行推举给三大佬。
工奉行主管国内建设，包括基础建设和民事建设，国内居民修筑建筑都需要找工奉行登记。战时有打造武器之责。
商奉行主管领国内商业行为，督促商人们交税。刑奉行主要就是抓捕违反律法的事情，包括武士都可以抓。
这些适用于一万石以上的大名可用。
一万石以下的可以自行安排。
至于小笠原辉长这里就设立了秘密部门，部长就是饭纲信元统领，副部长为出蒲清種，以及伊贺国的守护仁木义政被小笠原辉长的条件降服，投靠了小笠原辉长。
以至于伊贺国的国人服部氏加入小笠原辉长的麾下。
服部氏出名的就是服部半藏了。
伊贺众由著名的“三上忍”统领，即服部、百地和藤林。
服部氏相当有名，因为他们志向高、眼界宽，敢于走出伊贺的崇山峻岭，去别处混饭吃，首领之一的服部半藏正成侍奉德川家康，屡建奇功，最终领八千石俸禄，成为产业较大的地主和政府官员。
服部正成，乃德川十六神将之一，又号称“鬼半藏”。
服部家是出自伊贺国的豪族。出侍室町幕府十二代将军足利义晴，室町幕府衰退后；父亲保长与松平清康（德川家康祖父）有来往而受清康征召，为赴松平家埋姓，改姓服部。
半藏麾下的伊贺同心兵士中有不少是伊贺忍者。因此流传至后世的印象中，服部半藏之名代表着德川氏有名的忍者军团。
1569年，挂川城攻战中，又协助本多重次落城。1572年，在三方原合战中再次立下大功，并得到家康的重赏。
1579年，家康的长子松平信康被迫在二吴城切腹。据说是已经被任命为天方山城守的服部半藏担当了信康的介错。
但是半藏整个过程都伏地大哭，连刀都不能举起。但这种说法没有足够的史料支持。
最重要的是1582年，本能寺之变爆发，织田信长因明智光秀叛变于本能寺战死。
当时家康受邀在堺市游览，正准备赶回京都接受信长新的款待，突然先发京都的家臣本多忠胜前来禀报：“主公，出事了……”家康注目服部半藏，半藏利用手下忍者，很快就查明了消息的准确性——作为忍者集团，为主家打探各地情报本是不需要特别分派的任务。